Environment configuration... XIA2_ROOT => /dls_sw/apps/xia2/4497/xia2 XIA2CORE_ROOT => /dls_sw/apps/xia2/4497/xia2/core CCP4 => /dls_sw/apps/ccp4/x86_64/6.4.0/8apr2014/ccp4-6.4.0 CLIBD => /dls_sw/apps/ccp4/x86_64/6.4.0/8apr2014/ccp4-6.4.0/lib/data CCP4_SCR => /tmp/4137896.1.medium.q/tmp8Y4qkj Working directory: /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/tmp/BAZ2BA/BAZ2BA-x828/BAZ2BA-x828_1_/xia2-3daii-run/1400120766 Free space: 94410.60 GB Host: cs04r-sc-com06-54 Build: 4468 Contact: xia2.support@gmail.com XIA2 0.3.6.3 Command line: xia2 -min_images 3 -3daii -xparallel -1 -atom s -blend -project nt5073v16 -crystal xBAZ2BAx8281 -ispyb_xml_out ispyb.xml -image /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/BAZ2BA/BAZ2BA-x828/BAZ2BA-x828_1_0001.cbf ------------------- Autoindexing SWEEP1 -------------------- All possible indexing solutions: oC 83.20 96.90 58.00 90.00 90.00 90.00 mC 96.90 83.20 58.00 90.00 90.00 90.00 mP 63.80 58.00 63.90 90.00 98.70 90.00 aP 58.00 63.80 63.90 81.30 90.00 90.00 Indexing solution: oC 83.20 96.90 58.00 90.00 90.00 90.00 -------------------- Integrating SWEEP1 -------------------- Processed batches 1 to 1800 Standard Deviation in pixel range: 0.290000 0.420000 Integration status per image (60/record): oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo "o" => good "%" => ok "!" => bad rmsd "O" => overloaded "#" => many bad "." => weak "@" => abandoned Maximum relative deviation in cell: 0.001 Mosaic spread: 0.085 < 0.109 < 0.141 -------------------- Integrating SWEEP1 -------------------- Processed batches 1 to 1800 Standard Deviation in pixel range: 0.290000 0.430000 Integration status per image (60/record): oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo "o" => good "%" => ok "!" => bad rmsd "O" => overloaded "#" => many bad "." => weak "@" => abandoned Maximum relative deviation in cell: 0.001 Mosaic spread: 0.063 < 0.063 < 0.063 ------------------ Preparing xBAZ2BAx8281 ------------------ ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Resolution for sweep SAD/SWEEP1: 1.90 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Excluding outlier reflections Z > 0.00 ------------------- Scaling xBAZ2BAx8281 ------------------- Resolution for sweep SAD/SWEEP1: 1.92 Likely spacegroups: C 2 2 21 Reindexing to first spacegroup setting: C 2 2 21 (h,k,l) Overall twinning score: 2.49 Your data do not appear to be twinned Project: nt5073v16 Crystal: xBAZ2BAx8281 Sequence: Wavelength name: SAD Wavelength 0.92000 Sweeps: SWEEP SWEEP1 [WAVELENGTH SAD] TEMPLATE BAZ2BA-x828_1_####.cbf DIRECTORY /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/BAZ2BA/BAZ2BA-x828 DETECTOR dectris EXPOSURE TIME 0.050000 PHI WIDTH 0.10 IMAGES (USER) 1 to 1800 MTZ file: /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/tmp/BAZ2BA/BAZ2BA-x828/BAZ2BA-x828_1_/xia2-3daii-run/1400120766/xBAZ2BAx8281/SAD/SWEEP1/integrate/XDS_ASCII.HKL For nt5073v16/xBAZ2BAx8281/SAD High resolution limit 1.90 8.50 1.90 Low resolution limit 42.66 42.66 1.95 Completeness 99.9 99.2 99.9 Multiplicity 6.7 6.1 7.0 I/sigma 19.3 55.0 2.6 Rmerge 0.048 0.028 0.648 Rmeas(I) 0.057 0.034 0.767 Rmeas(I+/-) 0.056 0.032 0.763 Rpim(I) 0.022 0.013 0.288 Rpim(I+/-) 0.030 0.016 0.398 Wilson B factor 29.862 Anomalous completeness 99.4 100.0 99.8 Anomalous multiplicity 3.4 3.8 3.5 Anomalous correlation 0.016 -0.059 0.031 Anomalous slope 1.025 0.000 0.000 dF/F 0.047 dI/s(dI) 0.841 Total observations 125167 1512 9679 Total unique 18787 247 1388 Assuming spacegroup: C 2 2 21 Unit cell: 83.090 96.790 57.950 90.000 90.000 90.000 mtz format: Scaled reflections: /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/tmp/BAZ2BA/BAZ2BA-x828/BAZ2BA-x828_1_/xia2-3daii-run/1400120766/DataFiles/nt5073v16_xBAZ2BAx8281_free.mtz sca format: Scaled reflections (SAD): /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/tmp/BAZ2BA/BAZ2BA-x828/BAZ2BA-x828_1_/xia2-3daii-run/1400120766/DataFiles/nt5073v16_xBAZ2BAx8281_scaled.sca hkl format: sca_unmerged format: Scaled reflections (SAD): /dls/i04-1/data/2014/nt5073-16/tmp/BAZ2BA/BAZ2BA-x828/BAZ2BA-x828_1_/xia2-3daii-run/1400120766/DataFiles/nt5073v16_xBAZ2BAx8281_scaled_unmerged.sca Processing took 00h 08m 00s XIA2 used... ccp4 distl labelit pointless xds xia2 Here are the appropriate citations (BIBTeX in xia-citations.bib.) (1994) Acta Crystallogr. D 50, 760--763 Evans, Philip (2006) Acta Crystallographica Section D 62, 72--82 Kabsch, Wolfgang (2010) Acta Crystallographica Section D 66, 125--132 Sauter, Nicholas K. and Grosse-Kunstleve, Ralf W. and Adams, Paul D. (2004) Journal of Applied Crystallography 37, 399--409 Winter, G. (2010) Journal of Applied Crystallography 43 Zhang, Z. and Sauter, N.K. and van den Bedem, H. and Snell, G. and Deacon, A.M. (2006) J. Appl. Cryst 39, 112--119 Status: normal termination